Kalimantan Timur awalnya jarang dihuni dan sebelumnya memiliki beberapa kerajaan. Pada abad ke-17, Kesultanan Makassar berdagang di sana, dan pada 1787, Sultan Tahmidullah II dari Banjar menyerahkan wilayah tersebut kepada VOC Belanda. Sejak Provinsi Kalimantan Timur dibentuk pada 1956, wilayah ini telah mengalami pemekaran dan perubahan administratif. Pada 2012, provinsi ini dimekarkan lagi menjadi Provinsi Kalimantan Utara.